2000年12月，民革南京医科大学支部成立前，共有民革党员11人，当时隶属省直四支部，为科技、教育、高校支部。
佟启慧、朱道瑛等为民革南京医科大学支部第一批党员，他们在各自的岗位上努力工作，成绩突出。
1983年，民革党员朱道瑛参加中国国民党革命委员会第六次全国代表大会，1983年12月23日在人民大会堂接受党和国家领导人胡耀邦、邓小平、李先念、彭真等同志接见。
1986年，民革党员周国兴当时在扬子石化支部，积极参政议政，荣获南京市民革“先进个人”称号和奖励，1987年关系转入南京市，后又转入江苏省直属支部。
1996年，基础医学院民革党员章子豪、张耀娟等教授，在科研上做出突出成绩，先后获教育部和江苏省科技进步一等奖。
1997年，民革党员朱道瑛用自己的勤俭积蓄奉献爱心，设立“朱道瑛奖学金”，用于资助口腔系贫困学生。
2000年12月，民革南京医科大学支部在民革江苏省委和南京医科大学党委的关心下正式成立，章子豪任民革南医大支部第一届委员会主任委员，何祚光、周国兴任委员。
2001年，民革南京医科大学支部发展新党员2名；学校人才引进，增加老党员1名。公共卫生学院刘起展教授原系遵义市政协常委、民革遵义市副主任委员，后任政协南京市第十一届委员会委员、提案委员会委员、南京市党外知识分子联议会常务理事。
2002年6月，周国兴当选为民革江苏省第八届委员会委员。
2003年10月，周国兴、张耀娟在民革江苏省先进集体、先进个人经验交流暨表彰大会上荣获“先进个人”荣誉称号。章子豪在任政协南京市第十届委员会常委期间荣获优秀提案奖及南京市政协“参政议政积极分子”称号。
截止2003年底，民革南医大支部共有党员14人。其中，正副教授和主任医师10名，全国优秀教师1人，江苏省有突出贡献的中青年专家1人，享受国务院政府特殊津贴2人，博士生导师2人，硕士生导师3人。
2005年2月，民革南医大支部被民革江苏省委评为“先进支部”。
2005年12月，民革南医大支部换届改选，周国兴任主任委员，吴煜农、刘起展任副主任委员。
2007年，周国兴当选为民革江苏省第九届委员会委员。
2008年2月，民革南医大支部被民革江苏省委评为2007年度“社会服务工作先进支部”；吴煜农、蔡文利被民革江苏省委评为党务工作先进个人。
2009年2月，民革南医大支部被民革江苏省直工委评为2008年度“先进支部”；杨代慧、吴煜农获“党务工作先进个人”荣誉称号。
2010年3月，民革南医大支部被民革江苏省委评为“民革全省先进支部”，同时被民革省直工委评为2009年度“宣传工作先进支部”荣誉称号。
2010年7月，民革党员、南京市政协委员刘起展教授所提出的“关于加强食品安全监管，建立我市食品安全中心的建议”被确定为首个南京市政协主席会议督办提案，并获得南京市政协优秀提案。
2011年3月，民革南医大支部被民革省直工委评为2010年度“参政议政工作先进支部”，刘起展、沈捷、邹进获2010年度“优秀党员”称号。
2011年4月8日，民革南京医科大学总支部委员会成立，周国兴任主任委员，刘起展、吴煜农、沈捷任副主任委员。刘起展任校本部支部第三届委员会主任委员，蔡文利任组织委员；吴煜农任附属口腔医院支部第一届委员会主任委员，汤春波任组织委员；沈捷任一附院支部第一届委员会主任委员，朱毅任组织委员，杨代慧任宣传委员。
2011年11月11日，民革南医大总支联合江苏省法律金融支部在省民革组织处领导带领下，到南京市建邺区湖西街安如村“方舟启智中心”开展了爱心义诊、法律咨询等社会服务活动，为智障人群提供了直接的医疗服务，受到建邺区政府领导、天主教教徒及智障学员家长的热烈欢迎。
2011年12月，刘起展荣获“民革全省参政议政工作先进个人”。
2012年1月，民革南医大总支部获得民革江苏省委“组织工作先进支部”称号，沈捷、汤春波、王靓、耿珊珊被民革江苏省委评为“先进个人”。
2012年6月，周国兴当选为民革江苏省委第十届委员会委员。
2012年7月18日，民革南医大总支在主任委员周国兴带领下，与江苏省民革企业家支部在南京大明府会议厅开展健康讲座活动。活动中，民革党员沈捷、汤春波、耿珊珊等人分别就如何预防代谢性疾病与肥胖、牙齿与健康保健、营养与健康等问题做了专题讲座。
2012年10月19日，民革江苏省十届二次常委会决定，任命刘起展为民革江苏省委参政议政工作委员会副主任委员，吴煜农为省直组织工作委员会副主任委员，沈捷为文化艺术委员会委员，汤春波为妇女工作委员会委员。
2012年10月26至28日，民革南医大总支10名党员医学专家在主任委员周国兴、副主任委员沈捷带领下前往泗洪天岗湖乡开展“同心·博爱行”义诊活动，民革省委专职副主委，江苏省政协常委、副秘书长殷志强受邀参加，活动受到当地群众热烈欢迎。
2012年12月，刘起展当选为政协南京市第十三届委员会委员。
2013年4月11日，民革江苏省委省直组织工作委员会召开2012年度先进表彰会议，民革南医大总支荣获先进支部一等奖表彰（唯一），一附院支部党员杨代慧和附属口腔医院支部党员汤春波获“优秀党员”表彰。
2013年10月26日，民革一附院支部到革命老区安徽省滁州市开展义诊，服务群众200多名，并诊疗处理了一名疑似夹层动脉瘤的急诊病人，受到当地群众高度赞扬。
2013年11月23日，民革附属口腔医院支部组织6位种植科专家，到新沂市中医院开展口腔卫生保健知识宣传和义诊活动，服务患者200多名，并为该院100多名医护人员作了专题学术报告。
2014年1月，在民革江苏省直属机关组织工作委员会开展的“2013年度省直先进支部评选”活动中，民革一附院支部获得“先进支部”二等奖。4月17日，总支主委周国兴被校纪委聘为特邀监察员。5月20日至21日，民革总支赴高邮市第三人民医院暨三垛中医骨伤科医院开展咨询、讲座和义诊活动，服务患者130余人，并为当地卫生站工作人员、医院医护人员及附近社区群众作《平衡膳食与健康》主题讲座。5月25日，校民革总支副主委刘起展参加民革全省第二期基层组织负责人培训班学习。
2015年2月，在民革江苏省委省直组织工作委员会开展的2014年度先进基层组织和优秀党员评比活动中，民革一附院支部获得“先进支部”二等奖；吴鑫、耿珊珊、于焱、卢凯华、汤春波等5人被评为“优秀党员”。
2015年4月，民革一附院支部在民革省委组织的全省组织工作先进表彰活动中，获得“民革江苏省先进基层组织”荣誉称号。
2015年11月，民革一附院支部在民革省委组织的社会服务工作先进集体和先进个人评选活动中，获得“民革全省社会服务工作先进集体”荣誉称号。
2016年10月20日，民革南京医科大学基层委员会成立，汤春波当选民革南京医科大学第一届基层委员会主委，沈捷、吴煜农、杨代慧当选副主委。耿珊珊任校本部支部第四届委员会副主任委员（主持工作），蔡文利任组织委员；沈捷任一附院支部第二届委员会主任委员，韦志一任组织委员，张嘉任宣传委员；杨代慧任二附院支部第一届委员会主任委员，俞建任组织委员；吴煜农任附属口腔医院支部第二届委员会主任委员，邹进任组织委员。
2017年6月7日至8日，民革江苏省第十二次代表大会在南京召开。民革南京医科大学基层委员会主委汤春波应邀参加了此次代表大会，并当选为民革江苏省第十一届委员会委员。
2017年10月，民革中央表彰了一批民革第十二次全国代表大会召开五年来，在社会服务工作中作出突出成绩的先进集体和先进个人。民革南京医科大学基层委员会获得“民革全国社会服务工作先进集体”称号。
2017年10月22日，民革江苏省十一届三次常委会审议通过了民革江苏省第十一届委员会专门委员会名单。民革南京医科大学基层委员会副主委、一附院支部主委，一附院内分泌科沈捷研究员当选科教文卫体委员会委员。
2018年12月，民革江苏省委员会对纪念民革成立70周年系列活动进行总结表彰，我校民革基层委员会获得“纪念民革成立70周年系列活动先进单位”。
2020年12月，民革中央、民革江苏省委表彰了一批抗击新冠肺炎疫情先进个人和先进集体，南京医科大学基层委员会获民革江苏省委“抗击新冠肺炎疫情工作先进集体”荣誉称号，王茜同志获民革中央、民盟江苏省委授予的“抗击新冠肺炎疫情先进个人”荣誉称号。
2021年11月1日，民革南医大一附院支部换届选举暨全体党员大会在南医大一附院新大楼8楼会议室召开。大会通过投票选举产生了新一届支部委员会，沈捷、路华、张嘉、韦志一、许海尘5位同志全票当选。在第二届支委会第一次会议上，通过全体支委表决，沈捷同志再次当选为主任委员，路华同志当选为副主任委员。
2021年12月17日，民革南京医科大学第二附属医院支部召开支部换届大会。杨代慧同志再次当选为支部主委，俞建同志当选为支部副主委，何斌同志当选为支部宣传委员，杜强同志当选为支部组织委员。
2021年12月16日，民革南京医科大学校本部支部召开支部换届大会。刘煜当选主任委员，耿珊珊当选副主任委员，蔡文利当选组织委员，戴青松当选宣传委员。
2021年12月9日，民革南京医科大学附属口腔医院支部换届暨全体党员大会召开。邹进当选为主任委员，张晓真当选为副主任委员。
2021年12月27日，民革南京医科大学基层委员会换届大会在南京隆重举行。省政协副秘书长，民革省委专职副主委、省直工委主委薛国安，民革省委组织处处长刘宁，民革省委组织处四级调研员冯小梅，南京医科大学党委副书记、纪委书记、江苏省监委派驻南京医科大学监察专员石金楼，校党委常委、宣传部统战部部长沈瑞林，校党委统战部及民革南医大基层委员会30多名党员代表共同出席会议。会议由民革南医大基层委员会副主委沈捷主持。选举产生了新一届委员会，汤春波当选主任委员，沈捷、刘煜、杨代慧、邹进当选副主任委员，俞建、路华、张晓真、耿珊珊当选委员。
2023年2月，民革南医大一附院支部荣获民革江苏省直工委“2022年度民革省委基层组织先进集体三等奖”，汤春波、张丽萍、杨汆、韩笑等4人荣获“2022年度民革省委基层组织先进个人”称号。