1980年5月10日，学校举行庆祝南京医学院民主党派恢复组织活动大会，党委书记刘铁珊讲话。省委统战部、省、市九三学社负责人和学校九三学社全体成员出席大会。
1983年5月，九三学社由1961年的1人发展至39人，正式建立九三学社南京医学院支社，欧阳壬官任主任委员，丁绪亮任副主任委员兼组织委员，朱国栋任宣传委员兼秘书。
1983年6月，举行了九三学社南京分社南京医学院支社成立大会。
1988年，朱国栋任九三学社南京医学院支社主任委员，张保康任副主任委员。
1989年9月，蔡汝祥任九三学社南京医学院支社主任委员，张保康任副主任委员兼组织委员，陈亚元任宣传委员。
1992年5月，张保康当选为九三学社江苏省委委员。
1993年4月，九三学社南京医学院支社换届，张保康任主任委员，陈亚元任副主任委员，徐道寅、沈达民、曹真任委员。
1997年5月，陈国玉当选为九三学社江苏省委常委。
1997年9月，九三学社南京医科大学支社换届，曹真任主任委员，陈国玉任副主任委员，王国平任组织委员，孙晓如任宣传委员，薛绮萍任委员。
2000年9月，增补张宁为九三学社南京医科大学支社副主任委员，胡建群为委员。
2002年4月，陈国玉任九三学社南医大支社主任委员，张宁、胡建群任副主任委员，王国平任组织委员，孙晓如任宣传委员，薛绮萍任妇女委员，喻荣彬任科技委员。
2002年5月，张宁当选为九三学社江苏省委常委。
2002年12月，王迎伟当选为政协江苏省第九届委员会委员。
2003年1月，王国平当选为九三学社江苏省第五届委员会直属工作委员会委员，王亚冬当选为妇女工作委员会委员，王迎伟当选为文化教育委员会委员，赵卫红当选为医药卫生委员会委员。
2004年2月，全国人大常委会副委员长、九三学社中央主席韩启德来九三学社南京医科大学支社调研。
2004年3月，陈峰被九三学社江苏省委评为2003年度提案、信息工作和“三增强、四热爱”征文活动先进个人。
2004年3月，陈国玉被九三学社江苏省委评为“为经济建设服务先进个人”。
2005年1月，九三学社南医大支社被九三学社江苏省委评为2004年度先进基层组织。
2005年9月，社员喻荣彬获得九三学社中央“优秀社员”称号。
2007年6月，张宁当选为九三学社江苏省委常委。
2007年11月29日，九三学社成立南京医科大学委员会。陈国玉任名誉主委，张宁任主任委员，王迎伟、杨志健任副主任委员，喻荣彬任秘书长，陈峰、殷国勇、胡建群、王国平、喻荣彬、赵卫红、洪梅等7人任委员。委员会下设2个支社，第一支社王迎伟任主任委员，陈峰、王国平任副主任委员；第二支社杨志健任主任委员，殷国勇、胡建群任副主任委员。
2007年12月，王迎伟、陈峰当选为政协江苏省第十届委员会委员。
2010年1月，社员喻荣彬被九三江苏省委表彰为“2009年度社会服务工作先进个人”；9月，喻荣彬被九三学社中央表彰为“优秀社员”，被九三学社江苏省委评为“建社65周年优秀社员”；12月，喻荣彬被九三学社江苏省委表彰为“2010年度社会服务先进个人”。
2011年1月，九三南医大委员会被九三江苏省委评为“2010年度社会服务工作先进集体”。
2012年1月，九三学社南医大委员会被九三江苏省委评为2011年度宣传工作先进集体。
2012年5月，喻荣彬被九三学社江苏省委评为“社会服务先锋”。
2012年6月，杨志健当选为九三江苏省委常委。
2012年12月，经九三学社江苏省七届二次常委会研究决定，任命殷国勇为医药卫生委员会副主任，王迎伟为文化教育委员会副主任，喻荣彬为海外联络委员会副主任，同时担任省直属工作委员会副主任。
2012年12月27日，九三委员会换届改选，殷国勇任主任委员，王迎伟、赵卫红、洪梅、王国平任副主任委员，喻荣彬任秘书长，杨志健、陈峰、张宁任委员。委员会下设4个支社，一支社（校本部支社27人）主任委员王迎伟，副主任委员喻荣彬、杨俭，委员吴辉文、邱文、王玉邦；二支社（第一附属医院支社51人）主任委员赵卫红，副主任委员薛绮萍、周东辉，委员王荣、曹炎、张芹、王亚冬；三支社（第二附属医院支社8人）主任委员洪梅，委员沈立、高俊风；四支社（附属口腔医院支社9人）主任委员王国平，委员魏昕、吴红梅。
2012年12月，杨志健当选为政协江苏省第十一届委员会委员。
2012年12月，九三委员会被九三江苏省委评为“社会服务工作先进集体”，社员喻荣彬被评为“组织工作先进个人”。
2015年1月，在九三学社江苏省委员会举办的2014年度先进集体和个人评选表彰活动中，九三学社南医大委员会获得“组织工作先进集体”荣誉称号，主委殷国勇被评为社会服务工作先进个人。
2015年12月，在九三学社江苏省委举办的2015年度先进集体和个人评选表彰活动中，校九三委员会副主委、二附院支社主委洪梅被评为社会服务工作先进个人。
2016年12月，在九三学社江苏省委举办的2016年度先进集体和个人评选表彰活动中，九三学社江苏省委常委、我校九三学社委员会委员、一附院杨志健副院长被评为社会服务工作先进个人。
2017年6月21日至23日，九三学社江苏省委在南京召开第八次代表大会。会议选举产生了九三学社江苏省第八届委员会。我校一附院杨志健副院长当选为副主任委员，九三学社南京医科大学委员会主任委员殷国勇教授当选委员。此次会议表彰了九三学社江苏省第七届委员会的先进组织和个人，九三学社南京医科大学委员会被评为九三学社江苏省第七届委员会“社会服务优秀基层组织”，主委殷国勇教授被评为“社会服务先锋”。
2017年12月26日，九三学社南京医科大学委员会举行换届大会，选举产生了第三届委员会。殷国勇再次当选主任委员，喻荣彬、赵卫红、洪梅、魏昕当选副主任委员，韦金翠当选秘书长，王迎伟、陈峰当选参政议政委员，余利鹏当选组织委员，高俊风、周东辉当选社会服务委员。委员会共118名社员，下设4个支社，一支社（校本部支社26人）主任委员喻荣彬，副主任委员王迎伟、杨俭，委员王玉邦、吴辉文、邱文；二支社（第一附属医院支社61人）主任委员赵卫红，副主任委员周东辉、王荣，委员白剑锋、夏宏、侯麦花、王芳；三支社（第二附属医院支社18人）主任委员洪梅，副主任委员高俊凤、沈立，委员祝群、徐海娥；四支社（附属口腔医院支社13人）主任委员魏昕，委员吴红梅、王东苗。
2017年12月，九三学社江苏省第八届委员会任命了8个专门工作委员会及省直工委主任、副主任。九三学社南京医科大学委员会主委殷国勇教授被任命为医药卫生专门委员会主任，副主委喻荣彬教授被任命为省直工委副主任。
2020年11月，九三学社中央印发《九三学社中央关于表彰抗击新冠肺炎疫情先进集体和先进个人的决定》。九三学社南京医科大学委员会获九三学社中央抗击新冠肺炎疫情先进集体荣誉称号。
2020年11月25日，由《环球时报》《生命时报》、伙伴医生联合主办的“2020敬佑生命·荣耀医者第五届公益活动盛典”在人民日报社北京总部举行。九三学社南医大委员会主委、一附院（江苏省人民医院）殷国勇教授获“专科精英奖”。
2022年9月6日，江苏省政协委员、九三学社江苏省委员会常务委员、南京医科大学第一附属医院（江苏省人民医院）骨科主任、九三学社南京医科大学委员会主委殷国勇教授当选俄罗斯自然科学院外籍院士。俄罗斯自然科学院院长Л.В.伊万尼茨卡娅来函祝贺，并希望殷国勇教授继续积极投身科研工作，为中俄两国科技发展作出贡献。
2022年12月18日，九三学社第十四届中央委员会第六次全体会议在北京召开，会上宣读了多项表彰决定。九三学社南京医科大学委员会副主委、二附院支社主委洪梅荣获九三学社中央“2021—2022年社会服务先进个人”称号。
2023年2月16日，九三学社江苏省第九届委员会第二次全体（扩大）会议在南京召开，会议表彰了2022年度先进集体和先进个人、信息工作先进单位和先进个人，王东苗荣获九三学社江苏省委“2022年度组织工作先进个人”称号。
2023年4月12日，九三学社南京医科大学第一附属医院支社支委会换届选举会议在一附院1号楼18楼会议室召开。与会社员表决通过了选举办法，并投票选举了九三学社南京医科大学第一附属医院支社新一届支委。新当选的支委召开了第一次支委会，选举赵卫红为主委，王荣、王芳、胡军为副主委，白剑峰、张永祥、侯麦花、胡静雯为支部委员，并对支委会委员进行了工作分工。