1956年7月，我校一附院（时名江苏省工人医院）关哲昭和史国藩加入农工民主党。
1957年1月，与脑科医院和职业病防治所联合成立支部，当时有党员7人。
1957年2月，我校二附院成立农工支部，陈昌信任主任委员。
1983年 4月16日，党员发展至28人，正式成立农工民主党南京医学院支部。关哲昭任主任委员，陆介芳任副主任委员，卞春及任组织委员，胡麟祥任宣传委员，郭一中任委员。
1985年12月，农工南京医学院支部改选，关哲昭连任主任委员。
1985年，卞春及被评为“全国民主党派和工商联先进工作者”。农工党员赵自普副教授和卞春及讲师参加农工江苏赴云南咨询服务队，到云南保山地区开展放射学及眼科学术讲座，共举办讲座19次、会诊5次，指导手术3次。
1987年9月，卞春及当选农工党江苏省第六届委员会副主任委员。
1988年12月5日，农工一附院支部换届改选，卜行宽任主任委员，孙国治任副主任委员，黄汉斌任组织委员，郭一中任宣传委员。
1989年3月22日，农工二附院支部换届改选，徐毅任主任委员，吴保昌、蒋光裕任副主任委员，过启宁、苏光惠任委员。
1989年5月，农工一附院支部增补丁训诏任委员。
1991年6月，农工一附院支部换届改选，魏祖怡任主任委员，卜行宽任副主任委员，毕志刚、徐熙明、孙国治任委员。
1991年11月，农工二附院支部主任委员蒋光裕，副主任委员吴保昌，委员过启宁、苏光惠。
1993年3月，农工一附院支部主任委员魏祖怡，副主任委员卜行宽，委员徐熙明、毕志刚、冯耀良。农工二附院支部主任委员蒋光裕，副主任委员徐毅、吴保昌，委员过启宇、苏光惠。
1993年11月，在江苏省各民主党派、工商联为经济服务经验交流暨表彰大会上，农工一附院支部获先进集体，朱文元获先进个人。
1994年11月，农工一附院支部换届改选，朱文元任主任委员，卜行宽、徐熙明任副主任委员，毕志刚、谢莉娜任宣传委员，冯耀良任组织委员，王水任党务委员。
1994年11月，农工二附院支部换届改选，蒋光裕任主任委员，单承敏任副主任委员兼宣传委员，缪珩任副主任委员兼组织委员。
1997年1月，农工民主党南京医科大学支部成立，成员12人。管晓虹任主任委员，冯鲁中、陈馥瑛任委员。
1997年6月，以农工一附院支部党员为主，连续9年组织专家到东南大学为教工义诊累计3000多人次，其他党派成员也应邀参加。
1997年9月，卞春及、孙国治、管晓虹当选农工江苏省第八届委员会副主任委员。
1997年9月，管晓虹被列为我省“333”跨世纪学术带头人中300名国内有影响的高级专家。
1997年9月，农工二附院支部换届改选，缪珩任主任委员，单承敏任副主任委员兼组织委员，王勤国任副主任委员兼宣传委员，李明、龙明智任委员。
1997年11月，管晓虹当选为农工第十二届中央委员会常委。
1997年12月，农工一附院支部换届选举，朱文元任主任委员，徐熙明、冯耀良任副主任委员，毕志刚任组织委员，谢莉娜、王水任宣传委员，耿建丽任委员。
1998年4月，管晓虹当选为第九届全国人大代表。
1998年12月，成立农工党南京医科大学总支部委员会，下设南京医科大学支部、一附院支部、二附院支部。朱文元任主任委员，管晓虹、缪珩任副主任委员，冯耀良、陈馥瑛、龙明智任委员。
2001年8月，农工二附院支部被农工省直工委评为优秀基层组织。
2002年，管晓虹当选为农工江苏省第九届委员会副主任委员，沙家豪、王水、缪珩当选为委员。
2002年12月，农工南京医科大学基层委员会成立，管晓虹任主任委员，王水、缪珩任副主任委员，冯耀良、沙家豪、张建平、陈馥瑛、徐熙明、单承敏等6人任委员。农工党中央主席蒋正华题词祝贺。
2002年12月，管晓虹当选为第十届全国人大代表，沙家豪当选为政协江苏省第九届委员会常委，王水当选为委员。
2003年6月，农工二附院支部、校本部支部被农工省直工委评为“抗非”工作先进集体；王祝鸣、沙家豪、林敏、缪珩、管晓虹、魏睦新被农工省直工委评为抗击“非典”先进个人。
2003年12月，管晓虹、魏睦新获农工党中央授予的抗击“非典”优秀党员称号和农工党江苏省委授予的抗击“非典”先进个人称号。
2005年8月，农工二附院支部被农工省直工委评为“先进基层组织”。
2005年9月，缪珩被农工江苏省委评为“优秀基层干部”。
2005年12月，李胜男被评为第八届“南京十大杰出青年”。
2006 年1月13日，农工校本部支部增选李胜男、殷勤业为支部委员。
2006年5月25日，农工党校本部支部换届改选，季勇任主任委员，殷勤业任副主任委员，李胜男、唐文任委员。
2006年6月30日，农工基层委员会换届改选，管晓虹任名誉主委，沙家豪任主任委员，季勇、王水、缪珩任副主任委员，冯耀良、李胜男、张建平、张晓俊、魏睦新等5人任委员。
2007年3月，李胜男入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”。
2007年7月，管晓虹继续当选为农工第十届江苏省委员会副主任委员，沙家豪当选为常务委员，缪珩、王水继续当选为委员。管晓虹、魏睦新当选为农工党第十四次全国代表大会代表。
2007年7月29日，农工基层委员会因工作需要，增补殷勤业为基层委员会秘书。
2007年12月，沙家豪当选为第十一届全国人大代表，管晓虹当选为第十一届江苏省人大代表，王水当选为政协江苏省第十届委员会委员。
2008年1月，校本部支部、一附院支部、二附院支部等3个支部被农工省直工委评为“先进基层组织”。
2008年9月，季勇被省人民检察院聘为特约检察员。
2008年，农工基层委员会被农工党中央评为“先进集体”，在农工党江苏省委组织开展的政治交接学习教育活动和基层组织建设年活动中被评为“先进基层组织”。
2008年12月，农工基层委员会被农工党中央授予“抗震救灾先进集体”荣誉称号，党员肖安平、张建平、王水被表彰为“抗震救灾优秀党员”。
2009年1月，农工校本部支部、一附院支部、二附院支部被农工省直工委表彰为“先进基层组织”称号。
2009年7月，管晓虹被农工党中央评为“2009年度反映社情民意信息工作先进个人”。
2010年1月，农工一附院支部被农工省直工委授予“五星支部”称号，校本部支部、二附院支部被授予“三星支部”称号。
2010年8月，在庆祝建党80周年表彰活动中，农工基层委员会被农工江苏省委授予“先进基层组织”称号，校本部支部黄晓光、一附院支部冯耀良、二附院支部胡麟祥等3名党员被授予“优秀党员”称号。
2011年1月，农工基层委员会被农工省委评为“先进基层组织”；一附院支部被农工省直工委表彰为“先进基层组织”；一附院支部、校本部支部、二附院支部等3个支部被评为“四星支部”。
2011年4月，增补王水为农工第十届江苏省委员会副主任委员、常务委员。
同月，在农工省直工委庆祝建党80周年表彰活动中，农工一附院支部被授予“先进基层组织”称号；党员魏睦新被授予“优秀党员”称号。
2011年5月，沙家豪被农工党中央评为“2008年至2010年度反映社情民意信息工作先进个人”。
2011年7月21日，农工一附院支部换届改选，魏睦新任主任委员，贲慧、刘云任副主任委员，戴晓冬、钱祝银、韩素萍、乔玫等4人任委员。
2011年11月7日，农工校本部支部换届改选，季勇任主任委员，殷勤业、薛劲松任副主任委员，黄晓光、夏彦恺任委员。
2011年11月15日，农工二附院东院支部换届改选，甘卫华任主任委员，王训乐、黄娟任委员。
2011年11月22日，农工基层委员会换届改选，沙家豪任主任委员，季勇任常务副主任委员，缪珩、魏睦新、甘卫华任副主任委员，张晓俊、李胜男、张建平、刘云、贲慧、黄晓光等6人任委员。
2011年11月24日，农工二附院支部换届改选，缪珩任主任委员，吴萍、林岩任副主任委员，游娜任组织委员，蒋仁俐任宣传委员。
2012年1月，农工党南京医科大学基层委员会被农工省直工委评为“2011年度优秀基层委员会”，一附院支部被评为“五星支部”，校本部支部被评为“四星支部”，二附院支部被评为“三星支部”。
2012年3月，范志宁劳模创新工作室荣获南京市首届“十佳劳模创新工作室”称号。
2012年5月26至27日，农工党南京医科大学基层委员会组织11个科室20多位党员赴南通市妇幼保健院、海门三阳镇卫生院调研考察，开展了“健康服务乡镇行，送医下乡为民义诊”活动，为当地200多位患者提供了免费医疗服务。省政协副秘书长、农工省委副主委肖渡及联络处副处长王夫玉参加了该活动。
2012年6月，王水当选为农工江苏省第十一届委员会副主任委员，季勇、缪珩当选为委员；沙家豪、王水当选为农工党第十五次全国代表大会代表。
2012年12月20日，农工江苏省十一届三次主委会任命季勇为农工省委青年工作委员会副主任委员，刘云、夏彦恺为委员；倪健、贲慧为经济及联络工作委员会委员；甘卫华为妇女工作委员会副主任委员，顾平为委员；魏睦新为医卫工作委员会副主任委员，卜寿山、李立新、林岩、范志宁为委员；黄晓光为社会、法制工作委员会委员；薛劲松为科教文工作委员会委员；缪珩为直属单位工作委员会副主任委员，钱祝银为委员。
2012年12月，沙家豪继续当选为第十二届全国人大代表，王水当选为政协江苏省第十一届委员会常委。
2013年1月，在农工党江苏省直属单位工作委员会组织的“2012年度省直优秀基层委员会和星级支部达标评选”活动中，农工党南京医科大学基层委员会被评为唯一一个优秀基层委员会，一附院支部被评为“五星支部”，二附院支部、二附院东院支部、校本部支部被评为“四星支部”。
2013年6月16日，农工党南医大二附院支部组织医院20余位各民主党派专家赴全椒开展联合义诊，服务当地群众近200人。
2013年8月，农工党南京医科大学基层委员会报送的“健康服务乡镇行”在江苏省委教育工委举办的全省高校统战工作优秀案例评选活动中获得表彰。
2013年9月18日，在农工党中央举办的“2010年-2012年社会服务工作先进集体和先进个人评选”活动中，农工党南医大基层委员会获得“先进集体”荣誉称号。
2013年11月23日，农工党南京医科大学基层委员会组织学校多家附属医院的30多位医疗和卫生管理专家赴泰州市姜堰区溱潼人民医院开展第二届“健康服务乡镇行”义诊、调研活动，服务患者400多位。
2013年12月14日，农工党一附院支部到扬州东方医院开展义诊活动，服务患者200多名，扬州电视台对活动做了报道。
2014年1月，在农工党江苏省直属单位工作委员会组织的“2013年度省直优秀基层委员会和星级支部达标评选”活动中，农工基层委员会再次被评为唯一一个优秀基层委员会，校本部支部、一附院支部被评为“五星支部”，二附院支部、二附院东院支部被评为“四星支部”。
2014年11月14日至15日，农工基层委员会赴无锡市锡山区鹅湖人民医院开展第三届“健康服务乡镇行”公益服务活动，累计接待患者200多位，并就锡山区卫生事业发展等问题作了交流和研讨。
2015年2月9日，在农工党江苏省直属单位工作委员会组织的“2014年度省直优秀基层委员会和星级支部达标评选”活动中，农工党南医大基层委员会再次被评为唯一一个优秀基层委员会，校本部支部、一附院支部被评为“五星支部”，二附院支部被评为“四星支部”，二附院东院支部被评为“三星支部”。11月14日，农工党南京医科大学基层委员会组织学校多家附属医院的30多位医疗和卫生管理专家赴丹阳市界牌镇卫生院开展第二届“医疗服务基层行”暨校农工基层委员会第四届“健康服务乡镇行”活动，服务当地群众450多人次。
2016年1月，在农工党江苏省直属单位工作委员会组织的“2015年度省直优秀基层委员会和星级支部达标评选”活动中，农工党南医大基层委员会连续第5次被评为唯一一个优秀基层委员会，一附院支部被评为“五星支部”，校本部支部被评为“四星支部”，二附院支部、二附院东院支部被评为“三星支部”。
2016年3月，农工党中央举办“2013年-2014年社会服务工作先进集体和先进个人评选”活动，我校农工党基层委员会荣获“先进集体”荣誉称号。
2016年3月25日，农工党二附院东院支部召开换届大会，选举产生了新一届支部委员会。甘卫华当选为主任委员，张晓俊当选为副主任委员，王训乐当选为宣传委员，黄娟当选为组织委员。
2016年4月20日，农工民主党校本部支部召开换届大会，选举产生了新一届支部委员会。季勇当选为主任委员，殷勤业、薛劲松当选为副主任委员，黄晓光、夏彦恺、倪春辉、毛文忠当选为委员。
2016年11月11日至12日，农工党南京医科大学基层委员会组织农工、九三、民革、归联等民主党派和群团组织共30多位医疗、卫生管理专家赴扬州市宝应县柳堡镇开展了第三届“医疗服务基层行”暨校农工基层委员会第五届“健康服务乡镇行”活动，服务群众400多人次；民革校本部支部副主委耿珊珊老师为300多名基层群众作了“平衡膳食与健康”讲座。活动期间，农工省委领导及我校统一战线成员在地方卫生院负责同志带领下，参观了柳堡镇“二妹子”模范民兵活动中心。
2016年11月23日，农工党二附院支部召开换届大会，选举产生了支部新一届委员会，钱祝银当选主委，林岩、游娜当选副主委，蒋仁莉、张棣当选委员。
2016年11月24日，农工党一附院支部召开换届大会，选举产生了新一届委员会，刘云当选主委，李立新、张国新、戴辉华当选副主委，卜寿山、耿建丽、魏磊当选委员。
2016年12月14日，农工党南京医科大学基层委员会召开换届大会，选举产生了第四届委员会，季勇当选主委，刘云、甘卫华、钱祝银、殷勤业、贲慧当选副主委，张晓俊、李立新、戴辉华、林岩、薛劲松、黄晓光、夏彦恺当选委员。
2016年12月30日，在农工党江苏省委组织的医养融合供给侧结构性改革联合调研征文评比中，农工党南京医科大学基层委员会委员黄晓光提交的调研报告《江苏城镇职工医保支付方式改革现状》、《江苏省社会办医疗卫生机构现状与策略研究》，分别获得二等奖和鼓励奖。
2017年1月，在农工党江苏省直属单位工作委员会组织的“2016年度省直优秀基层委员会和星级支部达标评选”活动中，农工党一附院支部被评为“五星支部”，校本部支部、二附院支部被评为“四星支部”，二附院东院支部被评为“三星支部”。
2017年3月4日，农工党江苏省直党员代表大会在南京隆重召开。会议选举了省直出席农工党江苏省第十二次代表大会的14名代表，季勇、魏睦新、钱祝银3位党员光荣当选代表。
2017年5月25日至26日，农工民主党江苏省第十二次代表大会在南京隆重召开。在农工党江苏省第十二届委员会第一次全体会议上，王水当选副主任委员，季勇、刘云、甘卫华当选委员。在农工党江苏省第十二届一次全委会议上，农工党江苏省第十二届监督委员会成立，农工党南京医科大学基层委员会副主委、一附院支部副主委贲慧被任命为省监委会委员。
2017年9月，农工党江苏省十二届二次常委会任命了16个专门工作委员会主任，十二届三次主委会任命了各专门工作委员会副主任和委员。我校农工党员中，2人被任命为专委会主任，3人被任命为副主任，11人被任命为委员。其中，季勇副校长被任命为中青年工作委员会主任；刘云被任命为医疗卫生工作委员会主任，薛劲松为副主任，张国新、卜寿山、邹月芬、张银美、戴辉华、魏磊、李彤来为委员；魏睦新被任命为中医药工作委员会副主任；夏彦恺被任命为联络工作委员会副主任；顾连云被任命为生物技术与药学工作委员会委员；殷勤业被任命为科技工作委员会委员；黄晓光被任命为参政议政工作委员会委员；耿建丽被任命为老龄工作委员会委员。
2017年11月，农工党南京医科大学基层委员会被农工党中央授予“坚持和发展中国特色社会主义学习实践活动优秀基层组织”荣誉称号。
2018年1月，在农工党江苏省直属单位工作委员会组织的“2017年度省直优秀基层委员会和星级支部达标评选”活动中，农工党南医大基层委员会第6次被评为唯一一个优秀基层委员会，校本部支部、一附院支部、二附院支部被评为“五星支部”，二附院东院支部被评为“四星支部”。
2018年2月，农工党南京医科大学基层委员会委员、医政学院副院长黄晓光副教授被农工党江苏省委评为“参政议政工作先进个人”。
2018年7月4日，在农工党江苏省委组织的纪念中共中央“五一口号”发布70周年暨改革开放40周年主题征文活动中，二附院东院支部宣传委员王训乐撰写的《不忘初心，万众一心》荣获三等奖。
2018年7月3日，在农工党江苏省委举办的纪念中共中央“五一口号”发布70周年暨改革开放40周年主题书画摄影作品征集活动中，校本部支部副主委、附属眼科医院副院长薛劲松荣获优秀奖。
2019年1月，在农工党江苏省直属单位工作委员会组织的“2018年度省直优秀基层委员会和星级支部达标评选”活动中，农工党南医大基层委员会被评为唯一一个优秀基层委员会，校本部支部、一附院支部、二附院支部被评为“五星支部”，二附院东院支部被评为“四星支部”。
2020年2月，农工党党员刘云、孙晓兰被农工党江苏省委授予“优秀农工党党员”光荣称号。
“五一”劳动节前夕，省总工会表彰了一批为疫情防控和江苏经济社会发展作出杰出贡献的先进个人和先进集体，授予江苏省五一劳动奖和江苏省工人先锋号荣誉。农工党党员、一附院副院长刘云荣获“江苏省五一劳动”奖章。另外，江宁区妇联授予农工党党员、附属逸夫医院护士长孙晓兰“江宁区巾帼抗疫先锋”荣誉称号。
2020年6月，省人力资源社会保障厅、省卫生健康委、省中医药管理局联合印发《关于表彰江苏省名中医的决定》，授予100名同志江苏省名中医称号，享受市级表彰奖励获得者待遇。我校农工党党员、一附院中医科主任魏睦新教授获此称号。
2020年8月7日，农工党江苏省委纪念中国农工民主党成立九十周年大会在南京召开。农工党南京医科大学基层委员会、农工党江苏省人民医院支部获评“先进基层组织”；一附院副院长、教授、主任医师刘云，附属逸夫医院呼吸重症科护士长、主管护师孙晓兰获“优秀农工党党员”荣誉称号；图书馆副馆长刘煊贞获“先进党员”荣誉称号。
2020年8月9日，农工党中央在北京召开中国农工民主党成立九十周年纪念大会。农工党党员、南医大一附院（江苏省人民医院）副院长、江苏省人民医院援鄂医疗队队长刘云获“优秀党员”称号；农工党党员、南京医科大学公共卫生学院院长夏彦恺获“参政议政先进个人”称号。
2021年6月15日，农工党南医大二附院东院支部召开换届大会，选举产生了新一届委员会。甘卫华当选为主任委员，王训乐、张晓俊当选为副主任委员，黄娟、李亮当选为委员。
2021年9月13日，农工党南医大二附院支部经医院、学校党委协商同意，并经支部全体党员同意，由钱祝银继续担任新一届支部委员会主任委员，林岩、游娜继续担任副主任委员，张棣、蒋仁俐继续担任委员。
2021年9月27日，农工党南京医科大学支部在江宁校区图书馆五楼会议室召开换届工作大会。与会农工党员以无记名投票的方式选举产生了新一届支部委员会，夏彦恺、殷勤业、薛劲松、毛文忠、倪春辉、黄晓光、陈宏山当选为新一届支部委员，夏彦恺为主任委员，殷勤业、薛劲松为副主任委员。
2021年10月20日，农工党南医大一附院支部召开换届大会，选举产生了新一届委员会。刘云当选为主任委员，李立新、李彤来、魏磊当选为副主任委员，卜寿山、田青乐、耿建丽当选为委员。农工党二附院支部，钱祝银继续担任新一届支部委员会主任委员，林岩、游娜继续担任副主任委员，张棣、蒋仁俐继续担任委员。
2021年11月21日，中国农工民主党南京医科大学基层委员会换届大会在五台校区口腔行政楼报告厅举行。江苏省政协副秘书长、农工党江苏省委专职副主委吴建坤，农工党省直工委领导庞玉梅、朱耘，南京医科大学党委书记王长青，副校长、农工党南医大基层委主委季勇，校党委常委、宣传部、统战部部长沈瑞林，校党委统战部以及农工党南医大基层委39名党员代表共同出席会议。会议由农工党南医大基层委副主委甘卫华主持。大会选举产生了新一届基层委员会，季勇当选主任委员，刘云、夏彦恺、甘卫华、钱祝银、贲慧5名同志当选副主任委员，李立新、薛劲松、黄晓光、魏磊、殷勤业5名同志当选委员。
2022年3月，农工党南京医科大学基层委员会荣获农工党江苏省直工委“优秀基层委员会”称号。
2022年4月4日下午，农工党江苏省直党员代表大会在南京召开，省政协副秘书长、农工党省委副主委吴建坤出席大会，来自省直各基层组织的91名党员代表参加了本次大会。大会投票选举出席农工党江苏省第十三次代表大会的19名选举代表。农工党南京医科大学基层委员会主委季勇，副主委刘云、钱祝银3位代表当选。会上还宣读了《关于表彰省直2021年度优秀基层委员会及星级支部的决定》《关于表彰农工党江苏省直优秀党员的决定》。农工党南京医科大学基层委员会获评省直唯一优秀基层委员会。农工党南京医科大学第四届基层委员会自2016年成立以来，连续5年获此殊荣。南京医科大学校本部支部获示范支部，南京医科大学第一附属医院（江苏省人民医院）、南京医科大学第二附属医院支部获五星支部，南京医科大学第二附属医院东院支部获四星支部。夏彦恺、黄晓光、邹月芬、谢而付、钱祝银、黄娟6位党员荣获农工党江苏省直“优秀党员”称号。
2022年10月11日上午，中国农工民主党江苏省第十三次代表大会在南京闭幕，会议宣读了给离任同志的致敬信，表彰了先进集体和先进个人，农工党南京医科大学基层委员会荣获农工党江苏省委“优秀基层组织”称号。
2022年12月3日上午，中国农工党2018—2022年先进集体和先进个人表彰大会召开。农工党南京医科大学基层委员会荣获农工党中央“中国农工民主党2018—2022年先进集体”称号，刘云、陈亮荣获农工党中央“中国农工民主党2018—2022年先进个人”称号。
2023年2月，在农工党江苏省直属单位工作委员会组织的2022年度省直优秀基层委员会和星级支部评选活动中，农工党南医大基层委员会被评为唯一一个优秀基层委员会，一附院支部被评为“示范支部”，校本部支部、二附院支部、二附院东院支部被评为“五星支部”。
2023年6月11日上午，农工党南京医科大学基层委员会在农工党江苏省委会机关召开届中调整会议。农工党江苏省委会副主委吴建坤，南京医科大学党委常委、组织部部长、统战部部长邵海亚出席会议并讲话。省直工委副主委王世乐，南京医科大学基层委员会委员等出席会议。会议由省委会秘书长、省直工委主委庞玉梅主持。会议选举南京医科大学副校长夏彦恺为基层委员会主委，增补南京医科大学图书馆副馆长刘烜贞为基层委员会委员。
2023年7月24日上午，农工党第十七届中央专委会成立大会在京开幕。第十三届江苏省政协委员、农工党江苏省委公共卫生工作委员会主任、农工党南京医科大学基层委员会主委、南京医科大学副校长夏彦恺担任教育科技工作委员会副主任、医学科教分会委员；第十四届全国政协委员、农工党江苏省委副主委、农工党南京医科大学基层委员会副主委、南京医科大学副校长、南京医科大学第一附属医院（江苏省人民医院）院长刘云担任健康中国建设工作委员会副主任、医疗分会委员。