1986年7月12日，南京医学院侨联成立。经选举产生第一届侨联委员会，梁青任主席，王海燕任副主席。
1987年12月，廖铭扬、王海燕当选为政协江苏省第六届委员会委员。
1988年1月，梁青、蔡海江当选为江苏省第七届人大代表。
1989年12月，马文珠荣获“全国优秀归侨、侨眷知识分子”荣誉称号。
1990年4月，王海燕荣获“江苏省优秀归侨、侨眷知识分子”荣誉称号。
1993年4月，廖铭扬当选为政协江苏省第七届委员会委员。
1993年9月28日，侨联换届改选，产生第二届侨联委员会。王海燕任主席，沙继春任副主席，廖铭扬、顾君毅、古影莲、邱志昌、傅完珍、狄菊红、王心怡、蔡振华、彭韬等11位同志任委员。
1997年12月6日，侨联换届改选，产生第三届侨联委员会。王海燕任主席，沙继春、何健勤任副主席，傅完珍、狄菊红、王心怡、彭韬7位同志任委员。
1997年12月，王海燕、廖铭扬当选为政协第八届江苏省委员会委员。
1999年7月，王海燕荣获“全国归侨侨眷先进个人”荣誉称号。
2002年9月，王海燕、沙继春荣获“江苏省归侨侨眷先进个人”荣誉称号，何健勤荣获“江苏省侨联工作先进个人”荣誉称号。
2002年12月，丁新生当选为政协江苏省第九届委员会委员。
2003年9月26日，侨联换届改选，产生第四届侨联委员会。丁新生任主席，沙继春、何健勤（兼秘书长）任副主席，傅完珍、王心怡、彭韬、张人镜、邵柏堂、林桂芳等6人任委员。
2006年，老归侨汤禧承夫妇为中国华侨历史博物馆慷慨捐赠万元人民币。
2006年12月，丁新生、何健勤受江宁区委统战部表彰。
2007年12月，丁新生当选为政协江苏省第十届委员会委员。
2008年11月，江苏省侨联成立侨界青年总会，季勇当选为常务理事，王璇当选为理事。
2009年7月，丁新生荣获“全国侨联系统先进个人”荣誉称号。
2009年9月28日，侨联换届改选，产生第五届侨联委员会。丁新生任主席，沙继春、何健勤（常务）为副主席，傅完珍、王心怡、彭韬、季勇、顾则娟、窦真、林桂芳、王璇等8人任委员。
2009年12月，江苏省侨界专业人士联合会成立，丁新生当选为副会长，章非敏、王勇、陆巍、甘卫华等4人当选为理事。
2010年9月，校侨联在省侨联“夕阳红”健身舞表演赛中获三等奖。
2012年1月，校侨联荣获“江苏省侨界群众工作先进单位”。
2012年7月，丁新生荣获“江苏省归侨侨眷先进个人”荣誉称号，何健勤荣获“江苏省侨联工作先进个人”荣誉称号。
2012年10月，我校侨联在“亲情中华·锦绣江苏”全省侨联系统喜迎党的十八大文艺演出中获得优秀组织奖。
2013年2月，沈洪兵当选为江苏省侨界专家委员会副主任，丁新生、孙玉洁、王勇、何韶衡等4人当选为委员。
2013年2月，我校侨联荣获“江苏省侨联参政议政工作先进单位”称号。
2013年11月，廖铭扬获得全国归国华侨联合会授予的“全国归侨侨眷先进个人”荣誉称号。
2013年11月30日，在江苏省侨界青年总会第二次理事大会上，季勇、胡志斌当选为副会长，杨涛当选为常务理事，王璇、马俊青当选为理事。
2015年10月19日，校侨联召开第六次代表大会，选举产生了第六届委员会，丁新生再次当选主席，张雪梅当选常务副主席兼秘书长，何健勤当选副主席，王心怡、王璇、季勇、施超、傅完珍、彭韬、窦真、蔡钧骅等8位同志当选委员。
2016年8月，我校侨联副主席何健勤及委员傅完珍、彭韬3人获得中国侨联颁发的从事侨联工作20年以上荣誉证书。
2016年9月，我校新侨、附属儿童医院副院长、江苏省儿童重大疾病研究重点实验室主任张爱华教授被中华全国归国华侨联合会授予“中国侨界（创新人才）贡献奖”。
2018年8月，中国侨联、国务院侨务办公室授予丁新生“全国归侨侨眷先进个人”荣誉称号。
2019年10月13日，江苏省侨联青年委员会第三次委员大会在南京召开。大会选举产生了省侨青会第三届委员会领导成员，我校胡志斌副校长当选常务副会长，基础医学院高威教授当选副会长，公共卫生学院杨蓉西教授当选常务委员、副秘书长，药学院刘妍教授、生殖医学国家重点实验室叶岚教授、基础医学院副院长、校欧美同学会秘书长陈峰教授、公共卫生学院副院长靳光付教授当选常务委员，一附院朱传龙副主任医师、朱雨副主任医师当选委员。
2019年10月，我校侨联副主席何健勤、原副主席沙继春获“从事侨联工作20年以上工作者”荣誉表彰。
2020年1月20日，省侨联七届五次全委会议在南京召开。会议增补了我校基础医学院高威教授为省侨联第七届委员会委员。
2020年6月29日，南京市侨联召开第三届青年委员会。会议选举产生新一届市侨青会班子。我校第一临床医院副院长季晶教授当选常务副会长，附属逸夫医院刘煜教授当选副会长，公共卫生学院陈进教授、生物医学工程与信息学院胡本慧教授当选常务委员，一附院崔岱主任医师、二附院黄晓丹副主任医师、附属口腔医院院办朱政主任、附属逸夫医院缪菁营养师为委员，缪菁兼任副秘书长。
2020年9月26日，江苏省侨联侨界专家委员会第三次会员代表大会在扬州举行。大会审议通过了《江苏省侨联侨界专家委员会工作报告》《江苏省侨联侨界专家委员会章程（草案）》《江苏省侨联侨界专家委员会第三届委员会人事建议方案》。中国工程院院士、我校沈洪兵校长当选为第三届委员会常务副主任，一附院主任医师、南京医科大学明基神经病学研究所名誉所长丁新生教授、附属儿童医院副院长张爱华教授、基础医学院王勇教授当选常务委员，二附院肾脏科副主任戴春笋教授、一附院内分泌科主任杨涛教授当选生物和医药专业委员会委员。
2020年12月1日，第八届中国侨界贡献奖在北京人民大会堂举行颁奖仪式。全国人大常委会副委员长白玛赤林，全国政协副主席万钢等出席活动并为“中国侨界贡献奖”获得者代表颁奖。农工党南医大基层委主委、副校长季勇教授获得二等奖。
2021年5月22日，由中国侨联指导，江苏省侨联、致公党江苏省委主办，南京市侨联联合雨花台区委、致公党南京市委、雨花台烈士陵园管理局承办的“侨心永向党·奋进新征程”动员大会在雨花台烈士陵园举行。我校第一临床医学院副院长、一附院神经外科副主任季晶教授被评为“侨界卓越贡献者”。
2022年8月31日上午，江苏省侨联第八次代表大会在南京开幕。中国侨联党组书记、主席万立骏，省委书记、省人大常委会主任吴政隆，省委副书记、省长许昆林，省政协主席张义珍出席开幕式，并为侨界先进集体、先进个人代表颁奖。我校优秀侨界代表转化医学研究院院长陈峰教授，第一附属医院神经外科副主任、第一临床医学院副院长季晶教授，基础医学院副院长高威教授出席了会议。会议期间，选举产生了江苏省侨联第八届委员会，我校陈峰教授当选为江苏省侨联第八届委员会副主席（挂职），高威教授当选为江苏省侨联第八届委员会委员。会议表彰了“江苏省侨界杰出人物”“江苏省归侨侨眷先进个人”“全省侨联系统先进集体和先进工作者”等侨界先进。陈峰、季晶荣获“江苏省归侨侨眷先进个人”称号，校侨联秘书长王璇荣获“全省侨联系统先进集体和先进工作者”称号。
2023年8月31日上午，第十一次全国归侨侨眷代表大会在北京人民大会堂开幕。我校有2位代表参加，分别是江苏省侨联副主席（挂职）、基础医学院党委书记陈峰和附属无锡人民医院内分泌科副主任医师杨家悦。学校2人荣获全国表彰，分别是附属南京医院原副院长陈鑫和附属泰州人民医院麻醉科主任姜琳（女）获得“全国归侨侨眷先进个人”。